Położone na granicy trzech państw opactwo cysterskie w XVI wieku zostało poddane reorganizacji władz. Król polski Zygmunt Stary nakazał w 1538 piastowanie urzędu opata wyłącznie przez Polaków (pierwszy polski opat, którym był Stanisław Wierzbiński objął urząd w 1558), natomiast król Zygmunt II August ustanowił dodatkowe stanowisko opata komandoryjnego. Paradyskie opactwo zaczęło w tym czasie podupadać gospodarczo, popadając pod koniec wieku w znaczne zadłużenie. Odbiło się to na stanie obiektów klasztornych. Po 1580 klasztor wszedł w skład polskiej prowincji cystersów. Sytuacja materialna zakonu zaczęła się poprawiać na początku XVII wieku. Wynikało to z poprawy gospodarki rolnej i wzrostu zapotrzebowania na produkty spożywcze. Rozwój opactwa zahamowała wojna trzydziestoletnia. Opactwo było celem najazdów protestanckich wojsk brandenburskich i szwedzkich. Gospodarzem klasztoru w tym czasie był sekretarz króla Zygmunta III Wazy, wychowawca jego syna, królewicza Władysława, Marek Łętowski. Dbał on o utrzymanie dóbr klasztornych w jak najlepszym stanie. Niestety zniszczeń wojennych dopełnił wielki pożar opactwa w 1633.