Po objęciu tronu przez Aleksego Wonifatiew stał się jednym z ideologów grupy krzewicieli dawnej pobożności - grupy duchownych i świeckich opowiadających się za odnowa życia religijnego mieszkańców Moskwy, walka o rzeczywistą realizację etyki prawosławnej w życiu codziennym oraz przeciwstawienie się upadkowi obyczajów wśród duchowieństwa. Obok Wonifatiewa przywódcami grupy byli bojar Fiodor Rtiszczew i protopop Joann Nieronow. Z grupą tą związany był również archimandryta Monasteru Nowospasskiego, a następnie metropolita nowogrodzki i patriarcha moskiewski Nikon. W intencji reformatorów jedynie odnowiony Rosyjski Kościół Prawosławny byłby godny miana Trzeciego Rzymu i światowego centrum prawdziwego chrześcijaństwa. Dzięki autorytetowi krzewicieli na dworze carskim dzięki ich działalności nastąpiło w dużej mierze moralne odrodzenie rosyjskiego duchowieństwa. Grupa Wonifatiewa przyczyniła się do upowszechnienia zwyczaju głoszenia kazań oraz zwalczania mnogogłasija, tj. równoczesnego wykonywania kilku fragmentów Świętej Liturgii. Wonifatiew wszedł w konflikt z patriarchą moskiewskim Józefem, który sprzeciwiał się głoszonej przez protopopa konieczności radykalnych reform, zgadzając się co najwyżej na pomniejsze, starannie przygotowane i wolno wprowadzane zmiany.