W 1689 lub w rok później przybył do Krakowa, gdzie 23 grudnia 1690 przyjął święcenia niższe: ostiariusza, lektora, egzorcysty i akolity, w 1691 otrzymał subdiakonat, w lutym 1692 diakonat, a w miesiąc później (dokładnie 22 marca 1692) święcenia kapłańskie (nieprawdą jest, że Gorczycki otrzymał święcenia kapłańskie po studiach trwających tylko 5 miesięcy). W tym też czasie zmienił formalnie nazwisko Gorczyca na Gorczycki (pierwotna wersja nazwiska pojawia się sporadycznie w aktach do 1695). Wkrótce po przyjęciu święceń kapłańskich został oddelegowany na 2 lata do reorganizowanej tzw. Akademii Chełmińskiej w Chełmnie na Pomorzu, prowadzonej przez księży misjonarzy, a więc to samo zgromadzenie, które kierowało seminarium duchownym na Wawelu. Do obowiązków Gorczyckiego – oprócz wykładów w wyższych klasach – należało przygotowywanie uczniów do wystawiania na scenie szkolnej popisowych dialogów i deklamacji. Miał też Gorczycki jakieś zajęcia dydaktyczne w chełmińskim seminarium misjonarzy. Kierował również kapelą kościoła archiprezbiterialnego, który od 1680 formalnie należał już do księży misjonarzy.