W styczniu 2008 Juninho przeszedł do ówczesnego mistrza kraju – klubu São Paulo FC, który zapłacił za połowę jego karty zawodniczej sumę pół miliona dolarów, wygrywając rywalizację o zatrudnienie gracza z zespołami takimi jak Grêmio czy Lokomotiw Moskwa. W zespole tym występował przez rok – mając zastąpić sprzedanego Breno – lecz nie zdołał wywalczyć sobie pewnej pozycji z pierwszym składzie. Mimo to w sezonie 2008 zdobył z São Paulo pierwszy i zarazem jedyny w swojej karierze tytuł mistrza Brazylii. W późniejszym czasie powrócił do Botafogo FR, gdzie w roli podstawowego piłkarza również spędził rok, w sezonie 2009 zajmując drugie miejsce w rozgrywkach ligi stanowej. W styczniu 2010 został wypożyczony na okres sześciu miesięcy do południowokoreańskiego Suwon Samsung Bluewings, w którego barwach 27 lutego 2010 w spotkaniu z Jeonbuk Hyundai Motors zadebiutował w K-League. Premierowe gole w nowym klubie strzelił natomiast 19 marca tego samego roku w wygranym 2:1 pojedynku z Incheon United, dwukrotnie wpisując się na listę strzelców.