Pracował jako wikariusz w parafiach Świętych Apostołów Szymona i Judy Tadeusza w Kozach i Narodzenia Najświętszej Maryi Panny w Racławicach. W archidiecezji krakowskiej został ustanowiony duszpasterzem i koordynatorem grup modlitewnych Ruchu Odnowy w Duchu Świętym, a także delegatem biskupa ds. nowych ruchów religijnych.
W 1986 został wykładowcą Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie (następnie Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II). Na uczelni objął funkcję kierownika Katedry Hermeneutyki Biblijnej i Judaistyki. W latach 2004–2011 był ojcem duchownym w Wyższym Seminarium Duchownym w Krakowie, a w latach 2011–2013 piastował w nim stanowisko rektora. We wrześniu 2013 został wybrany przewodniczącym Konferencji Rektorów Seminariów Duchownych diecezjalnych i zakonnych w Polsce.