Po katastrofie Sprawa karna dotycząca katastrofy kolejowej pod Szczekocinami toczyła się przed Sądem Okręgowym w Częstochowie. Oskarżonymi o spowodowanie wypadku byli dyżurni ruchu, Andrzej N. i Jolanta S., zaś oskarżycielem posiłkowym został dawny pracodawca oskarżonych – spółka PKP Polskie Linie Kolejowe, którą reprezentował Zbigniew Ćwiąkalski. W wyroku z 15 lipca 2016 zostali skazani na kary pozbawienia wolności – w przypadku dyżurnego ze Starzyn były to 4 lata, zaś w przypadku dyżurnej ze Sprowy – 2,5 roku. Zostały one podwyższone przez Sąd Apelacyjny w Katowicach odpowiednio do 6 lat i 3,5 roku pozbawienia wolności.
Skarga kasacyjna wystosowana przez obrońcę Jolanty S. została oddalona przez Sąd Najwyższy. Wniosek o ułaskawienie nie został zaakceptowany przez urzędującego prezydenta, Andrzeja Dudę. Po skróceniu wyroku pod warunkiem podjęcia pracy zawodowej wyjechała z Polski.
30 lipca 2019 pod Złocieńcem doszło do incydentu, w którym na jednym torze znalazły się dwa pociągi. Raport PKBWK dotyczący tego zdarzenia wykazywał zbieżność przyczyn z katastrofą pod Szczekocinami – wypadku uniknięto dzięki dobrej widoczności i użyciu Radio-Stopu.