W 1745 roku w kościele pochowano Michała Serwacego Wiśniowieckiego odprawiając msze w obrządku rzymsko-katolickim i unickim. W 1747 roku pochowano w kościele Teklę Wiśniowiecką. Następnie w kościele byli chowani kolejni przedstawiciele rodziny Wiśniowieckich, a następnie Mniszchowie. W 1764 roku pożar zniszczył dach na klasztorze i kościele, który po 4 latach naprawiono. W 1781 roku kościół i klasztor zwiedził król Stanisław August Poniatowski. W 1816 toku klasztor posiadał bibliotekę mającą 1327 tomów.
W 1832 w ramach kasaty klasztorów po stłumieniu powstania listopadowego wspólnota karmelitańska w Wiśniowcu została zlikwidowana. Kościół klasztorny zaadaptowany w 1835 roku na cerkiew prawosławnąM. Koprowski, U grobów wiśniowieckich i polskich męczenników. W 1863 żona miejscowego duchownego tego wyznania podpaliła świątynię, wywołując zniszczenia wież i dachu. Obiekt został po tym wydarzeniu zdewastowany, zniszczeniu uległy nagrobki Mniszchów i Wiśniowieckich, ich szczątki wyrzucono z trumien. Dopiero po przejęciu Wiśniowca przez gen. Pawła Demidowa, Rosjanina, przeprowadzono ich ponowny pogrzeb w 1910 roku.