W sierpniu 1902 uczestniczył w rozwiązywaniu konfliktu rządu ze zbuntowanymi rosyjskimi studentami, sprawdzając zachowanie na zesłaniu studentów ukaranych zsyłką do Azji Środkowej. Rozmawiał z 59 studentami i z powodzeniem apelował następnie o złagodzenie nałożonych na nich kar. Od 1 września 1902 do 1904 sprawował urząd gubernatora wileńskiego, kowieńskiego i grodzieńskiegoСвятополк-Мирский Петр Дмитриевич. Popierał plany masowych wywózek Polaków z Litwy do Azji, chociaż deklarował się jako przyjaciel ludności polskiej. Dopuścił natomiast zapisywanie języka litewskiego za pomocą znaków języka polskiego w miejsce obowiązkowo wprowadzonej po powstaniu styczniowym cyrylicy.
Po zabójstwie Wiaczesława Plehwego, 1 września 1904 objął po nim urząd ministra spraw wewnętrznych Imperium Rosyjskiego, piastując do 1 lutego 1905. Pragnąc ratować zagrożone samodzierżawie, zmienił ogólny kurs polityki – ograniczył cenzurę, pozwolił na organizację zjazdów ziemskich, ogłosił częściową amnestię, zmniejszył liczbę aresztowań z powodów politycznych.