Od września do grudnia 1991 – pierwszy wiceminister spraw wewnętrznych ZSRR. Od 15 stycznia 1992 do 30 czerwca 1995 – minister spraw wewnętrznych Federacji Rosyjskiej w rządzie Borysa Jelcyna. Zachował stanowisko w gabinetach Jegora Gajdara i Wiktora Czernomyrdina. Od 3 czerwca 1992 do 7 lipca 1995 – członek Rady Bezpieczeństwa Federacji Rosyjskiej.
Od 12 września 1993 był członkiem grona członków rządu i szefów służb specjalnych, z którymi Prezydent Rosji Borys Jelcyn koordynował wykonanie przygotowanego przez siebie dekretu nr 1400 o rozwiązaniu i zakończeniu działalności najwyższych organów władzy ustawodawczej - Zjazdu Deputowanych Ludowych i Rady Najwyższej Federacji Rosyjskiej. Dokument ten 21 września 1993 roku został podpisany przez Jelcyna. Tego samego dnia Sąd Konstytucyjny Federacji Rosyjskiej uznał decyzję prezydenta za sprzeczną z Konstytucją. Zgodnie z ustawą zasadniczą Siły Zbrojne FR zakończyły władzę Borysa Jelcyna jako głowy państwa i powierzyły ich wykonanie wiceprezydentowi FR Aleksandrowi Ruckojowi.