Wcześniej w tym miejscu istniał XVII-wieczny, drewniany kościół pw. św. Wojciecha, w 1821 roku oddany do użytku społeczności ewangelickiej. Wraz z rozwojem parafii, Kościół nie mógł pomieścić dostateczną liczbę wiernych, wobec czego zaczęto poszukiwać środków na budowę nowej Świątyni. Kościół św. Wojciecha został rozebrany w 1881 roku, wraz z ukończeniem nowego Kościoła.
20 stycznia 1945 roku na wieży kościoła ukryli się żołnierze armii hitlerowskiej (narodowości łotewskiej), którzy ustanowili na niej stanowisko strzelnicze dla karabinu maszynowego. Stąd atakowali żołnierzy armii radzieckiej znajdujących się na dzisiejszym placu Wolności. W odpowiedzi Rosjanie wystrzelili w stronę wieży salwę z armat czołgowych. W efekcie wieża została całkowicie zrujnowana. Odbudowano ją w latach 1947–1951.
W latach 2008–2009 wnętrze kościoła poddano renowacji. Kolejnych dokonano w drugiej dekadzie XXI wieku. Wymieniono wówczas napęd dzwonów kościelnych, rynny i instalację elektryczną. Zamontowano nowe podświetlenie m.in. ołtarza. Wykonano bramę wjazdową w ogrodzeniu od strony ul. Słowackiego. Korzystając ze wsparcia Gminy Miasta Włocławek, wykonano nocną iluminację kościoła.