Konflikt ekologiczny Funkcjonowanie ośrodka jest kontrowersyjne z punktu widzenia ekologii. Przeciwko dewastacji przyrody na Pilsku, spowodowanej budową ośrodka, protestowało w latach 90. kilka organizacji pozarządowych między innymi Pracownia na rzecz Wszystkich Istot, Liga Ochrony Przyrody, Polski Klub Ekologiczny, kilka organizacji czeskich i słowackich, organizacje te założyły koalicję na rzecz Pilska. Efektem tych działań było uzyskanie wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego nakazującego rozebranie niektórych nielegalnie postawionych wyciągów do końca 2005 roku oraz wykonanie ekspertyzy naukowej, która zaleciła ograniczenia w użytkowaniu tras i wyciągów (zakaz jeżdżenia po kosodrzewinie i na terenie rezerwatu ścisłego po stronie słowackiej, użytkowanie tras zależne od grubości pokrywy śnieżnej).
W 2012 roku aktualny inwestor rozpoczął wstępne prace w zakresie modernizacji ośrodka.