Dalej rzeka przepływa w kierunku południowym i południowo-wschodnim przez łańcuch 9 wąskich, polodowcowych jezior: Rospuda Filipowska, Jezioro Kamienne, Jezioro Długie, Garbas, Jezioro Głębokie, Sumowo Bakałarzewskie, Jezioro Okrągłe, Bolesty i Rospuda Augustowska, do którego uchodzi.
W górnym biegu, na odcinkach pomiędzy jeziorami, Rospuda ma wąskie i kręte koryto, nurt szybki, a dno kamieniste, przypominając nieco górski potok. Płynie poprzez lasy i łąki, wąską doliną o wysokich, stromych brzegach. Częste są zakola, przełomy i powalone drzewa. Wąskie jeziora rynnowe ciągną się kilometrami – dwa najdłuższe, Rospuda Filipowska i Bolesty, mają 5,8 km długości przy szerokości zaledwie 0,4–0,8 km. Ich brzegi są wysokie, czasem zalesione, a czasem porośnięte łąką i poprzecinane wąwozami. Te wąwozy to efekt erozji pod wpływem spływających wód deszczowych.
W dolnym biegu rzeka, wpływając w Puszczę Augustowską, zmienia charakter na typowo nizinny. Meandruje w podmokłej dolinie nadrzecznej pośród trzcinowisk. Przepływa przez uroczyska: Święte Miejsce i Młyńsko.