Rzeka w południowym biegu przepływa przez obszary sieci Natura 2000: obszar mający znaczenie dla Wspólnoty „Ostoja Augustowska” oraz obszar specjalnej ochrony ptaków „Puszcza Augustowska”. Teren od jeziora Rospuda Filipowska do miejscowości Raczki (tzw. „Dolina Górnej Rospudy”) został zaproponowany jako specjalny obszar ochrony siedlisk
Większą część doliny rzecznej z wyłączeniem niektórych miejscowości i obszaru źródliskowego obejmuje obszar chronionego krajobrazu Dolina Rospudy. Celem utworzenia obszaru jest ochrona i zachowanie doliny Rospudy odznaczającej się wysokim stopniem naturalności, z roślinnością torfowiskową zbiorowisk leśnych i nieleśnych.
Dolny bieg Rospudy stanowi strefę ciszyRozporządzenie Wojewody Suwalskiego nr 8/91 z dnia 10 maja 1991 r. w sprawie ustalenia strefy ciszy na wodach i terenach do nich przyległych oraz obszarach rekreacyjno-wypoczynkowych w województwie suwalskim, Dziennik Urzędowy Województwa Suwalskiego nr 17, Suwałki, 15 maja 1992 r.Rozporządzenie Wojewody Suwalskiego nr 116/92 z dnia 13 sierpnia 1992 r.