W drugoligowym Aluminium grał do 1999 z krótką przerwą na występy w I-ligowym ŁKS-ie Łódź (4 mecze, 1 bramka). W sezonie 1999/2000 został ponownie zawodnikiem Pogoni Szczecin. Kolejne dwa sezony spędził w drugiej lidze, reprezentując barwy GKS Bełchatów (2000/2001) i Lecha Poznań (2001/2002). Z Lechem awansował do I ligi i spędził tam jedną rundę (10 meczów i 1 bramka).
W 2002 kupiła go Ceramika Opoczno, grająca na zapleczu ekstraklasy, Bugaj zdecydował się jednak na grę w Pogoni Szczecin, będąc kluczowym zawodnikiem i najlepszym strzelcem klubu w II lidze w sezonie 2003/2004. Po awansie do I ligi przegrywał rywalizację z Olgierdem Moskalewiczem i Claudio Milarem, w lidze rozegrał tylko 18 meczów (2 bramki). W sezonie 2005/2006 był rezerwowym drużyny Bogusława Pietrzaka.
Do 11 sierpnia 2005 rozegrał w ekstraklasie 139 spotkań i zdobył 17 bramek. W styczniu 2006 został wypożyczony na jedną rundę do II ligowego Śląska Wrocław. Po powrocie do Szczecina znalazł się w kadrze na sezon 2006/2007, jednak z powodu powracających kontuzji rozegrał tylko jedno spotkanie ligowe. Nieformalnie pełnił również funkcję asystenta trenera Mariusza Kurasa. Po rundzie jesiennej sezonu 2006/2007 zakończył karierę.