Tam został aresztowany i po rozprawie, mimo braku dowodów winy, skazany na 15 lat więzienia i degradację za działanie na szkodę sojuszników Polski (a właściwie za przeciwstawianie się wyprowadzeniu armii do Iranu, oportunizm i łamanie dyscypliny wojskowej). Po rozprawie rewizyjnej zmniejszono mu karę do 14 miesięcy więzienia i 17 września 1942 r. osadzono w więzieniu w Taszkencie. W areszcie i w więzieniu ciężko chorował na malarię. 20 kwietnia 1943 r. w wyniku zerwania stosunków polsko-sowieckich zwolniony z więzienia i 28 kwietnia przybył do Moskwy.
Od maja 1943 r. służył w 1 Polskiej Dywizji Piechoty im. Tadeusza Kościuszki. Organizator i dowódca 1 pułku artylerii lekkiej, a następnie 1 Brygady Artylerii ArmatEncyklopedia II wojny światowej, s. 90.. 29 stycznia 1944 wydał w imieniu dowódcy Polskich Sił Zbrojnych w ZSRR „Zarządzenie w sprawie uczczenia pamięci poległych oficerów zamordowanych w lesie katyńskim”, tym samym potwierdzając oficjalny stosunek władz ZSRR do kwestii zbrodni katyńskiej. Od 30 kwietnia 1944 r. zastępca dowódcy artylerii 1 Armii WP. W tym samym roku awansowany na pułkownika i generała brygady. W lutym 1945 r. został pierwszym dowódcą Lubelskiego Okręgu Wojskowego.