W sierpniu 1914 r. został wcielony do armii pruskiej jako lekarz. Pełnił służbę na terenie Polski, Rumunii i Francji. Prowadził w tych latach pamiętnik, pisał szkice z dziejów Kaszub oraz powieści „Pomorzanie” i „Żëcé i przigòdë Remùsa”. Pierwsza, pełna autobiograficznych odniesień, młodopolska w charakterze, pozytywistyczna w wymowie i miejscami pesymistyczna w podtekście, pozostała we fragmentach, druga – stała się najgłębszym utworem literatury kaszubskiej.
W lipcu 1918 r. Majkowski wrócił do Sopotu i włączył się w działalność polityczno-wojskową, m.in. jako członek Rady Ludowej. W 1919 r. założył w Gdańsku Koło Demokratyczne na Prusy Królewskie i Warmię, został naczelnym redaktorem „Dziennika Gdańskiego” i działał w uniwersytecie ludowym. Otrzymał polski stopień wojskowy kapitana, później awansował na pułkownika. W 1920 r. działał w komisji dla wytyczenia granicy polsko-niemieckiej i Radzie Pomorskiej – Towarzystwie Ochrony Polskości na Pomorzu (jako prezes). Przez ok. 2 lata mieszkał w Grudziądzu, choć wiele podróżował po kraju. W Grudziądzu poznał swoją przyszłą żonę, Aleksandrę Starzyńską. Zorganizował tam też Wystawę Sztuk Pięknych Artystów Pomorskich, którą otworzył Józef Piłsudski 7 czerwca 1921 r. Majkowski kontynuował działalność polityczną i kulturalną na rzecz Kaszub.