w latach 1988 i 1989, natomiast trzykrotnie zwyciężał w Pucharze Mistrzów CONCACAF – 1987, 1990 i 1992. Zdobył też trofeum Copa Interamericana w 1990 roku. Ogółem barwy Amériki Farfán reprezentował przez dziesięć lat, notując 71 goli i 23 asysty w 366 ligowych meczach. Jest uznawany za jednego z najlepszych pomocników w historii klubu – jego największym atutem był świetny przegląd pola.
W lipcu 1994 Farfán przeszedł do ekipy Toros Neza z siedzihbą w mieście Nezahualcóyotl. Tam spędził rok, po czym podpisał umowę z Deportivo Toluca. Z żadnym z tych klubów nie potrafił jednak nawiązać do sukcesów odnoszonych w Américe. Karierę zakończył w CF Pachuca, mając 35 lat.
Kariera reprezentacyjna W 1981 roku Farfán został powołany do reprezentacji Meksyku U–20 na Młodzieżowe Mistrzostwa Świata w Australii. Wystąpił wówczas w dwóch spotkaniach, zdobywając gola w zremisowanym 3:3 spotkaniu z Egiptem, a jego drużyna nie wyszła ostatecznie z grupy, zajmując w niej trzecie miejsce.