Niektóre nowsze scenariusze używają zdarzeń losowych, co powoduje, że za każdym razem symulacja przebiega inaczej. W zależności od scenariusza inne może być przygotowanie pociągu do wyjazdu – od pociągu stojącego przy peronie i oczekującego na podanie wolnej drogi po wyjazd z lokomotywowni, podłączanie do składu i wykonanie próby hamulca. Również zakończenie scenariusza może polegać na zatrzymaniu pociągu na stacji końcowej, albo na odstawieniu wagonów na tory postojowe i zjechaniu do lokomotywowni. Niektóre scenariusze wymagają pozostawienia dotychczasowego składu na docelowej stacji, a następnie zabrania innych wagonów. W każdym przypadku należy się zapoznać z opisem scenariusza, dostępnym w oddzielnym pliku albo widocznym po wybraniu scenariusza i pociągu do prowadzenia.
Podczas jazdy można spotkać pociągi prowadzone przez komputer (AI). Scenariusze na niektórych sceneriach (Quark, Krzyżowa, Bałtyk) zorganizowane są tak, że użytkownik przejmuje jeden z kilku dostępnych pociągów, a komputer steruje pozostałymi.