W grudniu 1995 roku WCSS oddało do eksploatacji pierwszy superkomputer SP2 firmy IBM, który w roku 1996 znalazł się na liście TOP 500. W Centrum powstał też pierwszy system poczty elektronicznej dla Politechniki Wrocławskiej, który funkcjonuje do dzisiaj, rozwijany o kolejne funkcjonalności. WCSS stał się też operatorem powstałej sieci WASK. Z biegiem czasu jednostka otworzyła się na klienta zewnętrznego, oferując swoje usługi sieciowe wrocławskim podmiotom publicznym.
Przełomem w działalności obliczeniowej było natomiast oddanie do użytku nowej serwerowni, która stale poszerzana pozwala pomieścić klastry ogromnej mocy obliczeniowej. Umożliwia ona na przeprowadzenie symulacji procesów, których wykonanie bez superkomputerów byłoby niemożliwe.
Początkowo w WCSS funkcjonowały trzy działy: Dział Usług Sieciowych, Dział Utrzymania Sieci i Dział Usług Obliczeniowych oraz Sekcja Administracyjno-Ekonomiczna. Wraz z intensywnym rozwojem profil zadań Centrum się poszerzał. Powstał Zespół Bezpieczeństwa Informacji, dzięki któremu klienci WCSS uzyskują wsparcie w obliczu wzrastającej ilości zagrożeń w