Od 1965 roku pracowała w Instytucie Dendrologii PAN w Kórniku, gdzie zorganizowała pracownię kultur in vitro roślin drzewiastych i trzy lata później uzyskała stopień doktora habilitowanego, na podstawie rozprawy Badania nad naturalnymi cytokininami. W 1969 roku rozpoczęła pracę jako kierownik powstającego Zakładu Fizjologii Roślin w bydgoskiej filii poznańskiej Wyższej Szkoły Rolniczej, od następnego roku na stanowisku docenta. W 1974 roku Zakład został włączony w struktury Akademii Techniczno-Rolniczej w Bydgoszczy, zaś Janina Rogozińska objęła Katedrę Fizjologii Roślin Wydziału Rolniczego. W 1981 roku otrzymała tytuł profesora zwyczajnego.
W 1996 roku przeszła na emeryturę. Zmarła 11 sierpnia 2007 roku. Pochowana na cmentarzu św. Jana Vianneya w Poznaniu (kwatera św. Barbary-30-21)Janina Rogozińska – miejsce pochówku [dostęp 2020-01-04].