Zastosowanie w postaci pestycydów Przetrwalniki i kryształy białek wytwarzanych przez B. thuringiensis są stosowane w rolnictwie do zwalczania owadów od lat 20. XX wieku. Od lat 60. XX wieku zaczęły być sprzedawane jako selektywne insektycydy pod różnymi nazwami handlowymi, m.in. Dipel, Thuricide i Lepinox. Ze względu na swoją selektywność uznaje się je za przyjazne dla środowiska i mające niewielki wpływ na ludzi i dzikie zwierzęta, w tym owady zapylające. Są nanoszone na rośliny w postaci zawiesiny, poprzez opryskiwanie, gdzie muszą zostać zjedzone przez larwy owadów, aby być skuteczne. Poza ochroną roślin przed szkodnikami stosuje się je również (szczep Bacillus thuringiensis israelensis) do zwalczania komarów.
Zastosowanie w roślinach modyfikowanych genetycznie thumb|Toksyny Bt w liściach orzecha ziemnego (dolne zdjęcie) chronią je przed uszkodzeniami wywołanymi przez larwy omacnicy prosowianki (górne zdjęcie) Belgijska firma Plant Genetic Systems jako pierwsza zastosowała w 1985 geny B. thuringiensis do wytworzenia transgenicznej odmiany tytoniu odpornej na szkodniki.