Łączenie obszarów zasiedlanych przez rośliny silnie toksyczne z zasiedlanymi przez nietoksyczne ma jednak swoje ograniczenia. Przykładowo ekspresja genów Bt może być zmienna. Czynniki środowiskowe, takie jak temperatura, mogą wpływać na rozwój rośliny, w szczególności ograniczając ekspresję różnych genów. Udokumentowano zmniejszenie się ekspresji w przypadku roślin rosnących w trudniejszych warunkach, prawdopodobnie spowodowaną metylacją DNA promotora. Takie zmniejszenie ekspresji może ułatwiać wykształcenie odporności u owadów, ponieważ częściowo odporne owady mogą przeżyć i przekazać swoje geny potomstwu. Choć obecność nietoksycznych obszarów okazała się skuteczna w przedłużaniu trwałości upraw Bt, ten sukces jest związany z wieloma czynnikami niezależnymi od tej strategii: małym rozpowszechnieniem genów odporności, kosztem wytworzenia odporności i powszechnością innych roślin, które również stanowiły bezpieczne obszary nietoksyczne.
Pojawianie się nowych szkodników Kilka badań potwierdziło gwałtowny wzrost liczebności szkodników innego typu (niewrażliwych na toksyny Bt) w ciągu kilku lat po zastosowaniu upraw Bt.