W nieznanych okolicznościach, po agresji ZSRR na Polskę (17 września 1939), dostał się do sowieckiej niewoli i został osadzony w obozie w Ostaszkowie. 6 kwietnia 1940 został przekazany do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Kalinińskiego. 8 lub 9 kwietnia 1940 został zamordowany w Kalininie (obecnie Twer) i pogrzebany w Miednoje. Od 2 września 2000 spoczywa na Polskim Cmentarzu Wojennym w Miednoje.
Był żonaty, miał dwoje dzieci, w tym córkę Henrykę Zdzisławę (ur. 1933).
4 października 2007 roku Franciszek Kadziszewski został pośmiertnie awansowany na stopień aspiranta Policji PaństwowejFunkcjonariusze Policji – Uroczysty Apel Pamięci 9 listopada 2007 roku, plac marszałka Józefa Piłsudskiego w Warszawie polskieradio.pl [dostęp 2012-03-19]Bożena Łojek: Pośmiertne awansowanie żołnierzy i funkcjonariuszy Rzeczypospolitej Polskiej zamordowanych w 1940 r. w ZSRR w wyniku zbrodni katyńskiej, [w:] Zeszyty Katyńskie (nr 23), Warszawa 2008, s. 204–230. ..
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 3073 (1921)Dekret Wodza Naczelnego L. 3112 z 30 czerwca 1921 r. (Dziennik Personalny z 1921 r. Nr 28, poz.