Utworzony w lipcu 1946 jako Connah’s Quay Juniors F.C.. Pomysłodawcą był biznesmen Thomas George Jones pochodzący z Connah’s Quay. Wkrótce klub stał się główną siłą młodzieżowej piłki nożnej w Północnej Walii, wygrywając Młodzieżowy Puchar Walii w 1948 roku. W 1948 roku klub wstąpił do Flintshire League. W 1951 dotarł do finału Amatorskiego Pucharu Walii. Przed rozpoczęciem sezonu 1952/53 nazwa klubu została zmieniona na Connah’s Quay Nomads F.C. i pod tą nazwą klub debiutował w Welsh League (North). W 1953 zdobył Amatorski Puchar Walii. Klub również dotarł do półfinału Pucharu Walii, a potem przyłączył się do Football League (Chester). W 1966 roku powrócił do Welsh League. W 1974 dołączył do nowo utworzonej Clwyd League, w której spędził ponad dwanaście sezonów, zdobywając dwukrotnie mistrzostwo ligi. Bez wątpienia najbardziej udany był sezon 1980/81, kiedy zespół zdobył siedem trofeów, w tym Welsh Intermediate Cup (wcześniejszy Amatorski Puchar) oraz mistrzostwo Clwyd Leaguen nie doznając goryczy porażki. Po trzech udanych sezonach w Welsh Alliance klub stał się w 1990 roku członkiem założycielem Cymru Alliance, a w 1992 roku Welsh Premier League. W 1996 zdobył Puchar Ligi Walijskiej. W 1998 dotarł do finału Pucharu Walii.