W Meksyku występował do 2003, kiedy to jako zawodnik Atlasu 31 maja w przegranym 2-3 z CF Monterrey Calderón po raz wystąpił w lidze. Ogółem w lidze meksykańskiej Calderón rozegrał 112 meczów, w których strzelił 37 bramek. W 2003 powrócił Independiente, jednak po paru miesiącach odszedł do Arsenalu Sarandí. W 2005 powrócił do Estudiantes La Plata. Z Estudiantes zdobył mistrzostwo Argentyny: Apertura 2006. W latach 2007–2008 po raz drugi był zawodnikiem Arsenalu Sarandí. Z Arsenalem zdobył Copa Sudamericana 2007 pokonując w finale swój były klub Amérikę(Calderón wystąpił w obu meczach finałowych).
W sezonie 2008–2009 po raz trzeci był zawodnikiem Estudiantes. Z Estudiantes zdobył Copa Libertadores 2009(Calderón wystąpił tylko przez ostatnią minutę w drugim meczu finałowym). Ostatni sezon w argentyńskiej ekstraklasie Calderón spędził w Argentinos Juniors Buenos Aires. Z Argentinos Juniors zdobył drugi w swojej karierze tytuł mistrzowski Clausura 2010. Po raz ostatni w lidze argentyńskiej Calderón wystąpił 16 maja 2010 w wygranym 2-1 meczu z Huracánem Buenos Aires. Ogółem w latach 1992–2010 rozegrał w lidze argentyńskiej 390 meczów, w których strzelił 141 bramek.