Pod wpływem nacisków i wysiłków mediacyjnych ze strony ECOWAS, nałożonych przez nią sankcji gospodarczych i finansowych oraz w obliczu opanowania północy kraju przez siły rebeliantów, 6 kwietnia 2012 junta wojskowa zgodziła się na przekazanie władzy w ręce cywilnej administracji. Zawarte porozumienie przewidywało powołanie przejściowych władz na czele z przewodniczącym parlamentu Dioncoundą Traoré oraz organizację wolnych wyborów na terytorium całego kraju w ciągu 40 dni. W zamian za rezygnację z władzy członkowie junty wojskowej zostali objęci immunitetem, a ECOWAS zniosła wszystkie sankcje nałożone na Mali.
8 kwietnia 2012 oficjalną rezygnację z urzędu prezydenta złożył Amadou Toumani Touré, a 12 kwietnia 2012 Dioncounda Traoré został zaprzysiężony na stanowisku tymczasowego prezydenta kraju. Członkowie junty uwolnili również aresztowanych członków rządu i administracji państwowej. 17 kwietnia 2012 na urząd premiera rządu tymczasowego powołany został Cheick Modibo Diarra.