W 1492 roku wielki książę Aleksander rozszerzył prawa miejskie Kowna; w tym też czasie ponad herbowym turem pojawił się krzyż (tzw. krzyż pattée lub krzyż templariuszy). Kształt krzyża prawdopodobnie związany jest z mniejszością niemiecką w Kownie i miał podkreślić udział tej grupy społecznej w życiu miasta.
W wersji z 1540 krzyż ma już formę łacińską i znajduje się pomiędzy rogami tura. Zmiana nastąpiła z inicjatywy królowej Polski i wielkiej księżnej Litwy Bony Sforzy, a podyktowana była upodobnieniem kowieńskiego tura do jelenia z legendy o świętym Hubercie. W prawie niezmienionej formie herb przetrwał niemal do połowy XIX wieku.
W 1831 roku doszło do radykalnej zmiany miejskiej pieczęci. Centralną część zajął rosyjski dwugłowy orzeł, pod którym umieszczono kowieńskiego tura. W 1843 roku swój herb otrzymała także gubernia kowieńska – na niebieskiej tarczy srebrna iglica. Herb przedstawiał pomnik, który w tym samym roku przeniesiono z Petersburga do Kowna. Herb guberni nie był herbem miasta, ale mógł przez miasto być używany, a w efekcie stopniowo wypierał wizerunek tura.