W kwietniu 1936 r. w Mandacie Palestyny rozpoczął się powszechny strajk społeczności arabskiej. Protestom towarzyszyły demonstracje, które bardzo szybko przekształciły się w arabskie powstanie. Amin al-Husajni przejął wówczas inicjatywę, przekazując liczne fundusze na finansowanie działań arabskich grup zbrojnych atakujących żydowskie osiedla. W lipcu 1937 r. brytyjskie władze podjęły próbę aresztowania Amina, ukrył się on jednak w meczecie al-Aksa i przebywał wewnątrz haramu przez trzy kolejne miesiące. 26 września arabscy napastnicy przeprowadzili zamach na lokalnego komisarza brytyjskiego Lewisa Yelland Andrews’a. Cztery dni później Brytyjczycy zdjęli Amina al-Husajni z funkcji przewodniczącego Najwyższej Rady Muzułmańskiej i nakazali aresztowanie przywódców arabskiej rebelii. Al-Husajni zbiegł wówczas przez Jafę do Libanu. Pomimo to, pozostał on formalnie wielkim muftim aż do 1948 r.
W wyniku I wojny izraelsko-arabskiej (1948–1949) tereny Wschodniej Jerozolimy wraz z Samarią i Judeą znalazły się pod okupacją Królestwa Transjordanii. Jordański król Abdullah I oficjalnie usunął al-Husajniego ze stanowiska i zabronił mu wstępu do Jerozolimy. Nowym wielkim muftim został Hussam ad-Din Jarallah. Po jego śmierci w roku 1954, nie powołano nowego wielkiego muftiego.