W początkowym okresie podboju kontynentu było wykorzystywane także przez hiszpańskich kolonizatorów, służąc np. do ustalania zobowiązań podatkowych i rozstrzygania sporów majątkowych. Z czasem zostało porzucone jako „pogańskie” i wymagające korzystania z podejrzewanych o nielojalność keczuańskich rachmistrzów na rzecz pisma europejskiego. Zapomniane i w znacznej części zniszczone (współcześnie zachowało się mniej niż 1000 egzemplarzy), przetrwało jako system ewidencyjny w uproszczonej formie na peruwiańskich wyżynach. Prekolumbijskie kipu, rozszyfrowane tylko częściowo, pozostaje obiektem badań i różniących się między sobą interpretacji. Obecnie badania nad kipu są bardzo trudne, gdyż w czasie podboju większość egzemplarzy została spalona.

Niedawne odkrycia na północnym wybrzeżu Peru wskazują, iż kipu było stosowane już przez lud Caral – jedną z najstarszych znanych obecnie prekolumbijskich cywilizacji istniejących przed ok. 5000 lat. Byłoby więc jednym z najstarszych – obok pisma klinowego z Mezopotamii – systemów zapisywania informacji na świecie.