Andrzej Antoni Kowalczyk (ur. 29 kwietnia 1948 w Toruniu) – polski profesor fizyki molekularnej, biofizyki i optyki.
Życiorys W 1965 roku ukończył IV Liceum Ogólnokształcące w Toruniu. Następnie podjął studia z zakresu fizyki teoretycznej na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu, które ukończył w roku 1970. Dziewięć lat później obronił pracę doktorską zatytułowaną Badanie relaksacji stanu wzbudzonego kumaryn. W 1994 roku habilitował się rozprawą pt. Fotoluminescencja w zastosowaniach analitycznych. Tytuł profesora uzyskał w roku 2004.
Odbywał staż naukowy na Johns Hopkins University w Baltimore (w latach 1980-1981), Paterson Laboratories Christie Hospital w Manchesterze (1983-1984) oraz Katholieke Universiteit w Leuven (1991). Jego specjalnością są luminescencja roztworów i spektroskopia czasowo-rozdzielcza. Jest członkiem zarządu Polskiego Stowarzyszenia Fotonicznego. W latach 2008–2016 pełnił także funkcję prodziekana ds.