28 grudnia 2011 Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego nominował go na biskupa bieżeckiego i wiesjegońskiego, pierwszego ordynariusza nowo utworzonej eparchii. W związku z tą nominacją 1 stycznia 2012 otrzymał godność archimandryty. 16 marca 2012 Synod zmienił wcześniejszą nominację, wyznaczając archimandrytę Filareta na pierwszego ordynariusza eparchii kańskiej. Jego chirotonia biskupia odbyła się 24 marca 2012 w cerkwi Złożenia Szaty Chrystusa Zbawiciela w Moskwie, z udziałem patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Cyryla, metropolitów sarańskiego i mordowskiego Warsonofiusza, emerytowanego metropolity czelabińskiego Hioba, krasnojarskiego Pantelejmona, arcybiskupa istrińskiego Arseniusza, biskupów sołniecznogorskiego Sergiusza i jenisejskiego i norylskiego NikodemaВ субботу 4-й седмицы Великого поста Святейший Патриарх Кирилл совершил Божественную литургию в храме Ризоположения на Донской улице в Москве и возглавил хиротонию архимандрита Филарета (Гусева) во епископа Канского.
9 lipca 2019 r. postanowieniem Świętego Synodu przeniesiony do eparchii