Stąd pochodzi obecne wyobrażenie nuklearnego atomu – struktury z dodatnio naładowanym środkiem (jądrem) o wielkiej gęstości i ujemnie naładowanymi elektronami krążącymi dookoła jądra na względnie dużej odległości w porównaniu do wymiarów jądra.
Rutherford przedstawił swoją interpretację wyników doświadczenia w słynnej publikacji z 1911 roku. Był on w stanie definitywnie odrzucić model atomu Thomsona, ponieważ żadne z ujemnych „ciałek” (tj. elektronów) nie zawierało wystarczającą ilość ładunku lub masy aby silnie oddziaływać z cząstkami alfa, ani też rozproszone dodatnie „ciasto” czy chmura dodatniego ładunku w której elektrony miały się znajdować. Zamiast tego, Rutherford zasugerował, że wielka ilość ładunku i masy atomu jest skoncentrowana w fizycznie bardzo małym obszarze (w porównaniu do wymiaru całego atomu), tworzącego bardzo silne pole elektryczne. Zaproponował, że poza „ładunkiem centralnym” (nazwanym później jądrem atomowym) atomy wypełnia pusta przestrzeń.