Piotr oddalił Eudoksję w 1698, zamknąwszy ją potem w monasterze Opieki Matki Bożej w Suzdalu (ok. 200 km od Moskwy). Zmuszona do przyjęcia postrzyżyn mniszych, otrzymała imię zakonne Helena. Przełożone klasztoru miały z nią nieco problemów, gdyż podczas swojego pobytu naruszała zasady klasztoru i spiskowała przeciwko mężowi, przez co zesłano ją później do bardziej oddalonego miejsca - monasteru Zaśnięcia Matki Bożej w Starej Ładodze. Za życia Eudoksji, w 1712 r., Piotr I poślubił jedną ze swoich kochanek, Katarzynę AleksiejewnęJ. Miles, Petersburg, Wydawnictwo MAGNUM, Warszawa 2020, , s. 52..
Z rozkazu Katarzyny I, już jako samodzielnej władczyni po śmierci Piotra I, Eudoksja po prawie 30 latach została uwolniona.
W lutym 1728 r. odbyła się koronacja jej jedynego wnuka, wyznaczonego przez Katarzynę na jej następcę - Piotra II. Eudoksja otrzymała od nowego cara 60 tysięcy rubli rocznej pensji.
Ostatnie lata życia spędziła w klasztorze Nowodziewiczym, w Moskwie, gdzie też ją pochowano.