24 marca 2006 został zatrzymany na Placu Październikowym w Mińsku przez białoruską milicję w trakcie trwającego protestu młodzieży, po wyborach prezydenckich. Białoruski sąd wymierzył mu karę 15 dni aresztu. W jednej celi więziony wspólnie z Aleksandrem Podrabinkiem i Pawłem Szaramietem. Wobec groźby nowych oskarżeń ze strony KGB i długiego więzienia doszło do międzynarodowej reakcji i licznych protestów, relacjonowanych przez  media, stacje telewizyjne,  gazety i  tabloidy, w tym także protest głodowy Jerzego Maszkiewicza – 72-letniego ojca Mariusza Maszkiewicza. Skutkiem nacisków zwolniony z aresztu wrócił do kraju 7 kwietnia 2006.

Od stycznia do listopada 2007 pełnił funkcję doradcy Prezesa Rady Ministrów ds. polityki wschodniej; w kolejnych latach pracował jako wicedyrektor Departamentu Wschodniego Ministerstwa Spraw Zagranicznych.

Od 2007 adiunkt w Katedrze Europeistyki na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego. W latach 2010–2016 Przewodniczący Komisji Zakładowej NSZZ „Solidarność” Pracowników Służby Zagranicznej;