Zanim ostatecznie zrezygnował z gry w reprezentacji, wystąpił jeszcze (w roli kapitana) podczas Pucharu Świata w 2003 roku, gdzie jednak Bokke odpadli już w ćwierćfinale.
Joost van der Westhuizen zakończył karierę zdobywając każde trofeum dostępne dla zawodnika z RPA, poza triumfem w Super 12 i zwycięstwem w serii spotkań z British and Irish Lions. Dwukrotnie wygrał Currie Cup (1998 i 2002), raz Puchar Trzech Narodów (1998) i raz Puchar świata (1995).
W lipcu 2004 został komentatorem stacji SuperSport. Kontrakt został później rozwiązany w związku ze skandalem obyczajowym.
Kontrowersje W lutym 2009 roku gazeta Rapport oraz magazyn Heat podały do publicznej wiadomości, że są w posiadaniu nagrania na którym Van der Westhuizen odbywa stosunek seksualny z nieznaną z imienia kobietą, która dodatkowo zażywa niezidentyfikowaną białą substancję. Sam były rugbysta zaprzeczył, jakoby to on znalazł się na filmie, który wywołał w RPA tzw. Joostgate. Jednocześnie przyznał, że zna obydwie ukazane osoby, choć nigdy nie podał ich danych. W późniejszym czasie magazyn Heat opublikował w internecie ocenzurowaną wersję filmu.