Od tego czasu zamek był coraz bardziej zaniedbywany, a po zbudowaniu więzienia w Wakefield w latach dziewięćdziesiątych XVI wieku zaczął z wolna popadać w ruinę.
Wojna domowa W czasie wojny domowej w Anglii Sandal Castle znajdował się w rękach rojalistów, ale jego kiepski stan nie zezwalał na wykorzystanie w pierwszym okresie walk. Niemniej w roku 1645 był trzykrotnie oblegany przez siły parlamentu. Butler odnotował: Po otrzymaniu zapewnienia, że mogą swobodnie odejść do Welbeck House na północy Nottinghamshire, (rojaliści) poddali zamek o godzinie dziesiątej 1 października 1645 roku. Garnizon składał się z 10 oficerów i 90 żołnierzy, przy czym dwóch określono mianem „starszych”, co mogło oznaczać, że byli zawodowymi wojskowymi, ale nie podoficerami. Poddając się oddali 100 muszkietów, 50 pik, 20 halabard, 150 sztuk broni siecznej i dwie baryłki prochu: żadnych dział nie wymieniono. Na skutek tej kapitulacji w rękach rojalistów w Yorkshire zostały jedynie zamki w Bolton i Skipton, ale Sandal „stawił najbardziej zacięty opór ze wszystkich trzech zamków”, a jego zdobycie wywołało wielką radość w szeregach wojsk parlamentuL. Butler, Sandal Castle, Wakefield, s. 89.. Pod koniec oblężenia zamek zmienił się w zasadzie w ruinę.