Struktura organizacyjna w 2009 roku komenda wydział ogólny zespół zabezpieczenia sekcja wychowawcza sekcja metodyki nauczania wydział dydaktyczny cykl nawigacji cykl elektromechaniczny cykl broni morskich cykl łączności i informatyki cykl wsparcia cykl WFiS lektorat języków obcych biblioteka punkt poligraficzny ośrodek szkolenia podstawowego i specjalistycznego (kompania szkolenia podstawowego, dwie kompanie szkolenia specjalistycznego) ośrodek szkolenia kierowców
Komendanci OSSM kmdr por. Franciszek Gabinet (1954-1958) kmdr Stanisław Leszczyński (1958-1963) CSSMW kmdr Stanisław Leszczyński (1963-1964) kmdr dypl. Tadeusz Makarewicz (1964-1973) kmdr inż. Stanisław Łałak (1973-1987) kmdr mgr Wiesław Grabowski (1987-1990) CSMW kmdr dypl. Zygmunt Urbański (1990-2001) kmdr dypl. Zbigniew Wądołowski (2001-2004) kmdr dypl. Ryszard Filiński (2004-2007) kmdr dypl. Zenon Juchniewicz (2007 - 31 grudnia 2013) kmdr Robert Kozacki (2 stycznia 2014 - 31 stycznia 2017) kmdr por. Dariusz Cebulka (cz.p.o. 01 lutego 2017-08 marca 2018) kmdr mgr inż. Grzegorz Okuljar (9 marca 2018 - 29 stycznia 2024) kmdr por. Dariusz Cebulka (cz.p.o.