Nowa era (2006–2011) Pod nowym kierownictwem PSG nie radził sobie jednak najlepiej. W sezonie 2006/2007 zajmuje ostatecznie daleką, 15. lokatę, by również rok później cudem uniknąć historycznego spadku do Ligue 2, wygrywając dwa z czterech ostatnich ligowych meczów. Jedynym pocieszeniem dla kibiców było zdobycie 29 marca 2008 trzeciego w historii zespołu Pucharu Ligi Francuskiej, pokonując w finale drużynę RC Lens 2:1 (Pauleta 19', Mendy 90'k.). Godnym odnotowania jest również fakt strzelenia przez Pedro Pauletę 109. bramki w barwach klubu z Paryża, co tym samym czyni go najskuteczniejszym zawodnikiem we wszystkich rozgrywkach w historii PSG.
Dopiero w maju 2008, po przejęciu stanowiska prezesa klubu przez Charles’a Villeneuve’a, kibice spojrzeli w przyszłość z optymizmem. Wywiązywanie się z wcześniejszych obietnic poskutkowało sprowadzeniem zawodników mających przywrócić PSG zasłużone najwyższe miejsca w tabeli. Do piłkarzy tych zaliczali się: Claude Makélélé, Ludovic Giuly, Mateja Kežman, Stéphane Sessègnon, czy król strzelców Ligue 2 sezonu 2007/2008 w barwach Le Havre AC, Guillaume Hoarau. Na efekty nie trzeba było długo czekać, ponieważ już na półmetku rozgrywek sezonu 2008/2009 paryżanie zajęli wysoką 4.