26 maja 1945 powróciła do Warszawy. 1 lipca 1945 została asystentem dr Krystyny Ossowskiej w 11 Zakładzie Radiologii Szpitala Wolskiego, późniejszego Instytutu Gruźlicy. W 1946 odbyła roczną asystenturę na Oddziale Wewnętrznym tego szpitala dla zdobycia podstaw do specjalizowania się w radiologii gruźlicy. Pracowała naukowo w zakresie badań bronchograficznych, w szczególności badań nad gruźlicą oskrzeli. Pracowała także dodatkowo w IX Ośrodku Zdrowia. Za badania patologii naczyń płuc uzyskała w 1952 stopień doktora medycyny i objęła stanowisko adiunkta Instytutu Gruźlicy. W 1960 Komisja Kwalifikacyjna dla Pracowników Pomocniczych Nauki zatwierdziła przyznany tytuł adiunkta przewidując wszczęcie przewodu habilitacyjnego. Irena Kononowicz opublikowała 9 prac naukowych i opracowała dwa rozdziały do podręczników naukowych.
Społecznie udzielała się w Polskim Towarzystwie Badań nad Gruźlicą, Związku Zawodowym Służby Zdrowia, Warszawskim Towarzystwie Lekarskim oraz w Polskim Towarzystwie Radiologicznym. W lipcu 1947 wstąpiła do Polskiego Związku Byłych Więźniów Politycznych Hitlerowskich Więzień i Obozów Koncentracyjnych.