Obowiązki rektora pełnił do 1817, gdy został przeniesiony do moskiewskiego monastyru Dońskiego.
14 lipca 1818 w soborze Zaśnięcia Matki Bożej na Kremlu moskiewskim przyjął chirotonię biskupią z tytułem biskupa kurskiego i rylskiego. W charakterze konsekratorów w ceremonii udział wzięli arcybiskup moskiewski Augustyn, biskup tambowski Jonasz oraz arcybiskupi Dosyteusz i Pafnucy. Jako biskup kurski Eugeniusz (Kazancew) założył w Biełgorodzie oddział Towarzystwo Biblijnego, szczególną uwagę zwracał na kształcenie duchownych i wyposażenie seminarium duchownego. Wizytował wszystkie cerkwie w swojej eparchii. W 1822 został przeniesiony na katedrę pskowską i podniesiony do godności arcybiskupiej. W 1825, na własną prośbę, został przeniesiony na katedrę tobolską. Koordynował misje prawosławne wśród nierosyjskiej ludności eparchii (obejmującej ówcześnie całą Syberię), w latach 1828–1829 dokonał objazdu całej eparchii. Dwa lata później został przeniesiony na katedrę riazańską. W 1837 został arcybiskupem jarosławskim i rostowskim. Urząd ten sprawował do odejścia w stan spoczynku na własną prośbę, w 1853. Zamieszkał w monastyrze Dońskim, gdzie pozostawał do śmierci w 1871.