Fabuła Fabuła Mortal Kombat 9 opowiada o tym, co się działo w pierwszych trzech częściach serii. Gracz poznaje szczegóły związane z pierwszymi turniejami. Tryb fabularny podzielony jest na 16 części – po jednej dla różnych z postaci. Części 1-5 opowiadają o pierwszym turnieju z pierwszej części Mortal Kombat. W częściach 7-11 opowiedziana jest fabuła MK2 a 12-16 MK3. Oryginalna linia została jednak wzbogacona także o nowe wątki. Przykładowo, przemienieni w roboty zabójcy Lin Kuei, którzy pojawili się w trzeciej części serii, na początku MK9 pojawiają się jeszcze jako ludzie. Każda z części trybu fabularnego składają się z czterech walk rozgrywanych przez jedną postać. Wyjątkiem jest część piąta rozgrywana przez Liu Kanga (składa się z pięciu walk) część jedenasta u Kung Lao (kończy się walką rozgrywaną nie Kung Lao a Liu Kangiem).