15 grudnia 1893, Timbuktu, wtedy rozbudowane główne miasto regionu, zostało anektowane przez małą grupę francuskich żołnierzy, dowodzonych przez porucznika Gastona Boiteux; . W 1890 roku region został częścią Sudanu Francuskiego (Soudan Français) wchodzącego w skład Senegalu. W 1892 roku Sudan Francuski stał się osobną kolonią francuską. Kolonia była reorganizowana i wielokrotnie zmieniała nazwę. W 1895 roku Sudan Francuski wraz z Azawadem wszedł w skład Francuskiej Afryki Zachodniej. W 1899 roku tereny obejmujące dzisiejsze Mali, Niger i Burkinę Faso zostały połączone w terytorium Górny Senegal i Środkowy Niger (Haut-Sénégal et Moyen Niger) wchodzące w skład Francuskiej Afryki Zachodniej. W 1902 nazwa terytorium została zmieniona na Senegambia i Niger (Sénégambie et Niger) i zostało ono podporządkowane Senegalowi. Następnie w 1904 terytorium podzielono, w wyniku czego utworzono Górny Senegal i Niger (Haut-Sénégal et Niger). Po odłączeniu od tego terytorium obszarów obecnego Nigru (w 1912) i Burkiny Faso (w 1919) w 1920 r. przywrócono nazwę Sudan Francuski.