Pitchfork, pomimo tego, że uznał album za bardziej wartościowy od One Hot Minute, uznał Californication za pozbawiony funkowego brzmienia, obecnego na Blood Sugar Sex Magik. Teksty piosenek uznano za zbyt często i jednoznacznie nawiązujące do spraw seksualnych, Frusciante zaś uznano za "obecnie najlepszego gitarzystę w USA na czasie". Album został skrytykowany za, jak to określił Tim Anderson z dziennika The Guardian, "nadmierną kompresję i zniekształcenie" w procesie cyfrowego zapisywania utworów. Stylus Magazine określił album ofiarą loudness war i stwierdził, że:
Stworzony został bootleg albumu, z ulepszonym dźwiękiem.
Na przestrzeni lat Californication utrzymywał swoją popularność. "Scar Tissue" została laureatem Nagrody Grammy w kategorii "Najlepsza piosenka rockowa" w 2000. Album został sklasyfikowany na 399. miejscu listy 500 albumów wszech czasów magazynu Rolling Stone. W 2006 Red Hot Chili Peppers zagrał niewielki koncert na potrzeby firmy AOL – na liście utworów znalazły się "Scar Tissue" i "Californication". Album dostarczył zespołowi kilka hitów – spośród szesnastu piosenek wybranych na album Greatest Hits.