W 1943 roku Dżugaszwili został przeniesiony z oflagu do obozu w Sachsenhausen. Niemcy zaproponowali Stalinowi wymianę Jakowa Dżugaszwilego na wziętego do niewoli pod Stalingradem feldmarszałka Paulusa, lecz Stalin odmówił mówiąc „Nie mam syna w niewoli w Niemczech”. Kontakty Stalina z Jakowem nigdy nie były serdeczne, a po wzięciu go do niewoli Stalin podtrzymał swoje oficjalnie powtarzane stanowisko, że nie ma jeńców wojennych – są zdrajcy ojczyzny. Sam Dżugaszwili na przesłuchaniu 18 lipca 1941 roku powiedział, że gdyby miał taką możliwość, zastrzeliłby się, zamiast dostać się do niewoli. Często w obozie popadał w depresję i odmawiał jedzenia. 14 kwietnia 1943 roku odmówił powrotu do baraku mieszkalnego i rzucił się w kierunku ogrodzenia z drutów pod napięciem, po czym został zastrzelony przez straż, względnie porażony prądem.