Sezon zasadniczy Inauguracja sezonu odbyła się 7 września 2012 roku meczem pomiędzy beniaminkiem ligi HC GKS Katowice a aktualnym mistrzem Polski, Ciarko PBS Bank KH Sanok. Sezon zasadniczy składała się 42 kolejek ligowych (sześć rund każdy z każdym - po trzy mecze na własnym obiekcie i trzy spotkania wyjazdowe). W trakcie rundy zasadniczej doszło do nieoczekiwanego wycofania z rozgrywek zespół z Torunia, który rozegrał jedynie 13 meczów. W związku z tym w każdej następnej kolejce jedna z drużyn przymusowo pauzowała. Faza zasadnicza trwała do 24 lutego 2013 roku.
W czasie trwania rundy zasadniczej zostały wyznaczone przerwy: 26.10–20.11.2012, 07.–21.12.2012, 23.12.2012–06.01.2013, 01-15.02.2013. Pierwsza pauza była związana z przygotowaniami i występem reprezentacji Polski w Kwalifikacjach do Zimowych Igrzysk Olimpijskich 2014 (Kijów, 08–11.11.2012). Następnie w dniach 16–18.11.2012 odbyły się ćwierćfinały Pucharu Polski 2012/2013. Tuż po tej przerwie aktualny mistrz Polski Ciarko PBS Bank KH Sanok wziął udział w III rundzie Pucharu Kontynentalnego 2012/2013 (Stavanger, 23–25.11.2012). W związku z tym drużyna z Sanoka wcześniej rozegrała trzy spotkania ligowe awansem. Drugą przerwę ustalono w związku ze zgrupowaniem i uczestnictwem reprezentacji Polski w turnieju EIHC (Miercurea-Ciuc, 13–15.12.2012).