Po śmierci Bingu wa Muthariki 5 kwietnia 2012, zgodnie z przepisami konstytucji, przypadła jej z racji zajmowanego urzędu wiceprezydenta sukcesja po zmarłym prezydencie. Śmierć Muthariki została jednakże potwierdzona i podana oficjalnie do wiadomości publicznej z dwudniowym opóźnieniem, co wywołało obawy o przebieg procesu sukcesji władzy. O zastosowanie porządku konstytucyjnego zaapelowały władze dwóch największych zagranicznych donatorów Stanów Zjednoczonych i Wielkiej Brytanii, przedstawiciele wojska, policji, wymiaru sprawiedliwości, opozycji oraz część członków partii rządzącej. 7 kwietnia 2012 Joyce Banda została oficjalnie zaprzysiężona na stanowisku prezydenta Malawi. Zgodnie z konstytucją, urząd prezydenta objęła na dwa lata, do końca konstytucyjnej kadencji poprzednika w 2014 i czasu organizacji kolejnych wyborów prezydenckich. Tego samego dnia dokonała zmiany na stanowisku generalnego inspektora policji, dymisjonując Petera Mukhito, odpowiedzialnego za zamknięcie uniwersytetów i strzelaninę do demonstrantów i mianując Loti Dzonzi.
31 maja 2014 na stanowisku prezydenta zastąpił ją wybrany w głosowaniu Peter Mutharika, brat byłego prezydenta Bingu wa Muthariki.