Amuro dostaje szoku psychicznego od fluidów mentalnych, które Lalah wysłała mu przed śmiercią. Od tej pory Amuro Ray i Char Aznable są śmiertelnymi wrogami. Bitwa zostaje wygrana przez Federację.
Po walce na asteroidzie Solomon w Syjonie wybucha wojna domowa. Spisek Chara przeciwko rodowi Zabi, dążenia Degwina Zabi do pokoju z Federacją, jego śmierć oraz zgony pozostałych członków rodu tworzą znakomitą sytuację do ostatecznej rozprawy z Syjonem. Ostatnia bitwa Federacji i kolonii ma miejsce na asterodzie A Baoa Qu będącą ostatnią linią obrony Syjonu. Amuro toczy ostatnią jak na razie walkę z Charem, i w robotach i na miecze. Char ucieka z pola walki. Federacja zdobywa w końcu asteroidę i wygrywa wojnę. Amuro otrzymuje po Wojnie Jednorocznej awans na porucznika.
Zeta Gundam Amuro staje się ofiarą nagonki Tytanów (elitarnej jednostki Federacji) na Newtypów, wskutek czego dostaje areszt domowy w luksusowej willi. Jego służący byli tak naprawdę agentami Tytanów. Miał w tym czasie pracę jako trener na Akademii Mobili w Cheyenne. Amuro w końcu dostaje pozwolenie na opuszczenie mieszkania. Przyjeżdża do niego ciężarna Fraw z dziećmi (wyszła za Hayato i adoptowała trójkę sierot z "Białej Bazy" – Katza, Letza i Kikkę).