Pisanie i kompozycja Kompozycję basową i gitarową opracował Frusciante, konsultując najważniejsze elementy z basistą grupyAnthony Kiedis i John Frusciante - By the Way – promocyjny wywiad; Amsterdam. Z tego powodu zespół obrał inny kierunek nagrań do albumu. Frusciante starał się utrzymać przejmującą, emocjonalną atmosferę podczas nagrywania. Czerpiąc inspirację z dokonań takich muzyków jak Vini Reilly i John McGeoch, Frusciante stworzył oryginalny dźwięk, używając rozmaitych efektów gitarowych (np. wah-wah) i melotronu.
Kiedis był zainspirowany miłością, swoją partnerką oraz emocjami, jakie towarzyszą zakochaniu się. Piosenki takie jak "Body of Water", "Someone", "By the Way", "I Could Die for You" i "Warm Tape" zawierają szereg odnośników i aluzji do miłości. Dużą rolę w pisaniu materiału miały narkotyki (Kiedis zaprzestał zażywania heroiny w grudniu 2000). Utwory takie jak "This Is the Place", "Don't Forget Me" i "Dosed" są wyrazem niechęci wokalisty do używek i mówią o psychicznym i emocjonalnych skutkach, jakie wywarły na Kiedisie. W "This Is the Place" wspomniany jest Hillel Slovak a także opisana jest sytuacja, w której będący pod wpływem narkotyków Kiedis zapomniał o pogrzebie gitarzysty: "W dniu, w którym mój przyjaciel umarł ja nie umiałem być czysty".