W ramach programu Discovery realizowane są też znacznie tańsze Discovery Missions of Opportunity. Nie obejmują one budowy nowych sond kosmicznych, ale wysyłanie amerykańskich instrumentów naukowych na pokładzie sond innych agencji kosmicznych, lub skierowanie istniejących sond do nowych zadań, po zakończeniu ich głównej misji. Koszt Mission of Opportunity nie może obecnie przekraczać 35 milionów dolarów amerykańskich.
Dotychczas w ramach programu Discovery do realizacji zostało wybranych 16 misji i 6 Missions of Opportunity.
Lista misji programu Discovery Lp. Nazwa Data startu Zadania Stan realizacji misji Ilustracja 1NEAR Shoemaker17 lutego 1996Przelot obok planetoidy (253) Mathilde. Sztuczny satelita planetoidy (433) Eros i lądowanie na jej powierzchni.ZakończonaSukces100px 2Mars Pathfinder4 grudnia 1996Lądowanie na powierzchni Marsa. Pojazd samobieżny.ZakończonaSukces100px 3Lunar Prospector7 stycznia 1998Sztuczny satelita Księżyca.ZakończonaSukces100px 4Stardust7 lutego 1999Przelot obok komety 81P/Wild.