Do Ludowego Wojska Polskiego wstąpił w 1944. Był kolejno: kapelanem I Brygady Zapasowej, proboszczem garnizonu w Częstochowie, zastępcą dziekana Okręgu Wojskowego III, dziekanem Okręgu Wojskowego II.
Pod koniec 1947 r. ukazał się, napisany przez księdza Wilkowskiego, modlitewnik żołnierski pt. W Służbie Chrystusa i Ojczyzny. Prawie cały nakład został skonfiskowany przez Główny Zarząd Polityczno-Wychowawczy Wojska Polskiego. Ocalały nieliczne egzemplarze. Po przeniesieniu do stanu laickiegoA. Micewski, Współrządzić czy nie kłamać?: Pax i Znak w Polsce, 1945–1976, Kraków, 1981.J. Żaryn, Kościół a władza w Polsce, 1945–1950, Warszawa, 1997. zaczął pracować w redakcjach czasopism dla kapelanów wojskowych, później zajął się również pisaniem książek o tematyce popularno-historycznej. W połowie grudnia 1947 r. ks. mjr Stanisław Wilkowski, wymieniony jako redaktor czasopisma Kapelan WojskowyWyciąg z rozkazu personalnego nr 1381, Ministerstwo Obrony Narodowej, Departament Personalny, Warszawa, 22 grudnia 1947 r.. W lutym 1950 został redaktorem naczelnym dwutygodnika Głos Kapłana, wychodzącego w nakładzie 8 tys. egzemplarzy. Pismo było wydawane i finansowane przez Zarząd Główny ZBoWiDhttp://www.polis2008.pl/index.php?option=com_content&task=view&id=795 dostęp: 7 stycznia 2012 r..